مراحل شمارش سلولي توسط هموسيتومتر:

1- تیره­های سلولی چسبیده و نیمه­چسبیده را به کمک تریپسین يا EDTA  (محلول25/0درصد تریپسین و02/0درصد  EDTAدر بافر PBS ايزوتونيک با 7=pH) از کف فلاسک کشت سلول آزادکرده و در حجم کمی از محيط کشت به حالت سوسپانسیون درآورید.

2- تیره­های سلولی شناور وسلول­هایی راکه به صورت تودة سلولی رشد می­کنند سانتریفیوژ کرده و در حجم اندکی از محيط کشت به صورت سوسپانسیون درآورید.

3- سوسپانسیون سلولی را چندبار پیپتاژ کنید تا سلول­ها بصورت یکنواخت و مجزا از هم درآیند.

4- تحت شرايط استریل 100 تا 200 میکرولیتر سوسپانسیون سلولی برداشته و هم­حجم آن محلول تریپان بلو 4/0 درصد در بافر ایزوتونیک با 7= pH اضافه و به آرامی پیپتاژ کنيد. بدين ترتيب سلول ها 2 بار رقيق خواهند شد.

5- لام نئوبار را تميز كنيد و 2 تا 3 ميكروليتر آب مقطر روي كناره­هاي برآمدة آن ریخته و يك لامل سنگي روي آن قرار دهيد. لامل را به آرامی روی لام فشار دهيد و چند­بار به عقب و جلو حرکت دهيد تا آب مقطر از کناره ها خارج شده و لامل روی لام ثابت شود.

6 – سوسپانسيون سلولی را با تريپان بلو مخلوط کرده  و هر دو طرف لام نئوبار را با آن پر كنيد. حجم اتاقك زير لامل در هر طرف حدود 10 الی 12ميكروليتر است. برداشتن حجم بيش از این مقدار باعث افزايش حجم زير لامل و در نهايت باعث افزايش خطا در شمارش سلول­ها می­شود.

7- چند لحظه صبر کنيد تا همة سلول­ها به طور يکسان در کف لام ته­نشين و بی­حرکت شوند. سپس لام را با ميکروسکوپ نوری و با درشت نمايی 20 بررسی کنيد.

8- تعداد سلول­های زنده (سلول­های شفاف يا رنگ نگرفته) و غير زنده(سلول­های آبی) را شمارش کنيد.

9- در صورت پخش يکنواخت سلول­ها بر روی لام، حداقل بايد سلول­ها در يکی از چهار مربع 16 خانه­ای مخصوص شمارش گلبول­های سفيد شمرده شوند.

10- حجم يک مربع 16 خانه­ای 1/. ميلی­متر مکعب می­باشد. لذا اگر ميانگين تعداد سلول های موجود در يک مربع 16 خانه­ای را در عکس ضريب رقت و عدد 10000 ضرب کنيد،تعداد سلول­ها در يک ميلی­ليتر سوسپانسيون سلولی به دست می­آيد.

10000×عکس ضريب رقت × ميانگين تعداد سلول­ها در  يک مربع 16 خانه ای = تعداد سلول­ها در يک ميلی­ليتر سوسپانسيون سلولی

توجه: برای افزايش دقت کار بهتر است حداقل 100 سلول شمرده شود. به تعداد مربع­هايی که شمرده ايد تا به 100 سلول برسيد توجه کنيد. عکس ضريب رقت مثلا عدد 2، نشان دهندة حجم محلول رنگ تريپان بلو مورد استفاده می باشد.

11-  برای محاسبه تعداد کل سلول­های سوسپانسيون، عدد مذکور را در حجم سوسپانسيون (به ميلی ليتر) ضرب کنيد.

حجم سوسپانسيون × تعداد سلول­ها در يک ميلی متر سوسپانسيون سلولی = تعداد کل سلول­های سوسپانسيون

توجه: در شرايط ايده آل بيش از 95% سلول­ها بايد زنده باشند.

12- برای محاسبه درصد سلول­های زنده (درصد بقا)، تعداد کل سلول­های زنده در هر ميلی­متر مکعب را در عدد صد ضرب نموده و عدد به دست آمده را بر تعداد کل سلول­ها تقسيم کنيد.

100× (کل سلول های شمارش شده/ تعداد سلول زنده) = درصد بقای سلولی  (Viability%)

به طور مثال اگر تعداد سلول­هاي زنده 200 باشد، نسبت به 300 سلول موجود، درصد بقای سلول­ها 67% خواهد بود.