در رنگ­آمیزی گرم مورفولوژی کلی میکروب مورد مطالعه قرار می­گیرد.

اگرچه تفاسیر بسیاری درمورد نتایج به­دست آمده از واکنش رنگ­آمیزی گرم ارائه شده است، به احتمال قوی اختلاف بین باکتری­های گرم منفی و گرم مثبت به ماهیت  فیزیکی دیوارة سلولی آن­ها مربوط می­باشد.در رنگ­آمیزی،خود پپتیدوگلیکان رنگ نمی­گیرد و درعوض به­نظر می­رسد که پپتیدوگلیکان به­عنوان سدی درمقابل نفوذپذیری دیواره از خروج کریستال ویوله جلوگیری می­کند.در طی فرآیند رنگ­آمیزی ابتدا باکتری­ها را با کریستال ویوله رنگ می­­کنند و سپس،آن­ها را با، ید تیمار می­نمایند تا پایداری رنگ را تشدید کند. هنگامی­که باکتری گرم مثبت با اتانول تیمار می­شود احتمالاً اتانول منافذ پپتیدوگلیکان ضخیم را چروک می­کند بنابراین،کمپلکس ید- رنگ درطی مرحلة کوتاه رنگ­بری حفظ می­شود و باکتری به رنگ ارغوانی باقی می­ماند درمقابل،پپتیدوگلیکان باکتری­های گرم منفی بسیار نازک و با اتصالات عرضی کم است و دیوارة آن منافذ بزرگ­تری دارد. تیمار الکلی نیز ممکن است مقادیر قابل توجهی از لیپیدهای غشای خارجی باکتری­های گرم منفی را خارج کندو منافذ آن را بزرگ­تر کند.با­توجه به این دلایل الکل راحت­تر می­تواند کمپلکس ید-کریستال ویولة ارغوانی را از باکتری­های گرم منفی حذف کند. بنابراین،باکتری گرم منفی در مرحلة پس از رنگ­بری به سهولت رنگ قرمز یا صورتی ناشی از رنگ دوم سافرانین را به­خود می­گیرد.

آلوگي‌هاي قارچی

آلودگی­های قارچی یا شناورند يا به کف فلاسک می­چسبند. در آلودگی محيط کشت با قارچ ممکن است pH تغيير نکند اما به­طور معمول رنگ محیط کشت ارغوانی می­شود. براي جلوگيري از آلودگي‌هاي محيط با قارچ از آنتي­بيوتيک (آمفوتريسينB) استفاده مي‌شود. که در کشت اولية بافت (مثل پوست که احتمال وجود قارچ است) از آمفوتريسين استفاده مي‌شود، ولي در حالت معمول آمفوتريسين استفاده نمي‌شود.

برای تميز کردن انکوباتور آلوده با قارچ، انکوباتور را به دماي 100 تا 180 درجه رسانده و به آب موجود در سينی داخل آن سولفات مس اضافه می گردد.